La
chiesa nasce con l'impianto tradizionale di una basilica a tre
navate, con transetto, absidi, torre nolare e cupola, secondo lo
schema più semplificato delle chiese urbane del tempo. Le navate
sono separate da quattro archi a tutto sesto sorretti da colonne in
conci di pietra rustica con capitelli cubici tutti uguali, ornati da
una leggera incisione che ne accompagna la curvatura. Unica
particolarità nell'organizzazione della pianta è la presenza dei
due absidi laterali, concepiti come cappelle di fondo.
La
chiesa originaria, come tutte le chiese genovesi del centro storico,
aveva l'ingresso a ovest; il suo orientamento era pertanto opposto a
quello attuale: l'abside si trovava dove ora si ha l'andito
d'ingresso e al posto dell'abside attuale si ergeva la facciata,
rivolta al mare e alla Loggia dei Greci; sul sagrato c'era un piccolo
cimitero, mentre sul retro vi era la loggia dei Pescatori,
prospiciente quella dei Coltellieri.
La
copertura era in capriate e si completava di una cupola, su cui si
innestava una torre campanaria o nolare, di cui ci è rimasta solo
una testimonianza grafica del Piaggio che, per quanto approssimativa,
ne conferma l'esistenza e ne suggerisce la forma. La torre aveva
pianta ottagonale, era ricoperta da un tetto cuspidato e presentava
un'apertura centinata su ogni lato della cella campanaria.
San
Marco ripete in forme molto semplici e spoglie il modello della
chiesa di San Donato, valido per tanti altri templi romanici
cittadini ed interpretato pochi anni dopo in San Giovanni di Prè con
maggior originalità e aderenze alle nuove strutture.
Nel
1307 grazie ad un lascito venne eretta la casa canonica sopra la
basilica stessa che portò gravi conseguenze strutturali e nel 1440 e
nel 1594 la chiesa fu oggetto di restauri.
Il
capovolgimento della chiesa fu conseguenza della nuova cinta di mura,
decretata nel 1597, che la strinse da vicino ed obbligò l'ingresso
dal lato di levante verso la città. In occasione di questo
adattamento la chiesa venne ampliata e dotata di una nuova facciata e
il portale, unico elemento decorativo, venne così eliminato. Durante
l'intervento del 1646 la chiesa fu trasformata in senso barocco:
l'originaria copertura in capriate venne sostituita da volte a botte,
vennero posti nuovi altari e realizzati intonaci dipinti.
Nel
1783 la cupola sul transetto, poiché pericolante, venne demolita
insieme alla torre nolare.
Soltanto
nei primi anni del dopoguerra, tra i vari salvataggi e recuperi dei
monumenti architettonici genovesi, fu riportato alla luce, in parte e
solo all'interno, il primitivo aspetto della chiesa di San Marco.
L'involucro esterno, informe e ancora ricoperto dagli intonaci
seicenteschi, infatti non rivela tuttora affatto l'aspetto
dell'originaria basilica romanica.
Oltre
ad aver scrostato le pareti interne dagli intonaci seicenteschi,
l'intervento degli anni 1947-48, a cura della Sovrintendenza ai
Monumenti, ha chiarito l'effettiva posizione dell'abside centrale,
grazie al ritrovamento delle sue fondamenta, e ha mostrato
l'impostazione della cupola sul transetto.
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